مجلس الاتحاد هو السلطة العليا والمسئول عن اعتماد السياسة العامة للاتحاد وتخطيط برامجه ومتابعة نشاطه وإقرار ميزانيته . ويتمتع المجلس بكافة الصلاحيات اللازمة لتحقيق أهداف الاتحاد ، ويتألف من رؤساء الأجهزة الأعضاء في الاتحاد أو من ينوب عنهم ويعقد المجلس اجتماعات دورته العادية مرة كل سنة ، في المكان الذي يحدده اجتماعه السابق ، ويتم افتتاحها يوم الثلاثاء من الأسبوع الثاني من شهر كانون الأول / ديسمبر . وقد يجتمع المجلس ، عند الضرورة في دورة استثنائية وفق ما جاء في النظام الداخلي للمجلس .
أما رئاسة مجلس الاتحاد فيتناوب عليها أعضاءه حسب الترتيب الهجائي لأسماء الدول العربية المعمول به في جامعة الدول العربية ويتولى رئاسة الدورة الاستثنائية ، في حالة انعقادها ، رئيس الدورة العادية .